Le site opérationnel du Musée, ouvert en 2016 dans la commune de La Salle, est situé près de la Zone Spéciale de Conservation et de la Réserve naturelle régionale Marais de Morgex-La Salle.
C’est là que se déroulent la plupart des activités muséales, comme la conservation des collections (de minéraux, d’espèces botaniques, d’animaux et de livres), les projets de recherche scientifique, les actions de divulgation, les activités didactiques ou la consultation du patrimoine libraire de la bibliothèque scientifique. Ce bâtiment, qui couvre près de 1200 m2, abrite des bureaux, deux laboratoires scientifiques, deux salles didactiques, une bibliothèque, une salle de consultation, des archives et un dépôt pour les collections.
Les laboratoires du Musée constituent une plateforme technologique régionale de référence en matière d’analyses de l’ADN, dans le cadre du soutien à des services et à des collaborations dans les domaines de la nature et de l’environnement, de l’agro-alimentaire ou de la conservation des biens culturels. Les activités de recherche scientifique portent sur la sauvegarde de la biodiversité et de l’agro-biodiversité, à travers le suivi et l’étude des espèces animales ou végétales, la caractérisation génétique des ferments lactiques autochtones et des anciennes variétés fruitières ou viticoles et la lutte contre les agents phytopathogènes.
Le Musée gère la banque régionale du germoplasme végétal, qui conserve ex situ des graines de plantes spontanées rares et menacées. Il participe à des projets européens et collabore activement avec des organismes territoriaux actifs dans le secteur des biotechnologies, de même qu’avec des organismes de recherche scientifique nationaux et internationaux.
