Le Musée est engagé dans des projets de recherche scientifique et est attentif aux innovations scientifiques et technologiques au service de la nature, de l’environnement et du territoire de montagne.

Son site opérationnel dispose de laboratoires pour les biotechnologies, spécialisés dans l’analyse et le séquençage de l’ADN, en vue de la reconnaissance de traces biologiques, dans la génétique de la population, et dans la définition de cibles géniques particulièrement intéressantes.

Les collaborations avec des organismes territoriaux et des instituts de recherche nationaux et internationaux sont nombreuses.