Il nucleo iniziale della biblioteca del museo discende dalla biblioteca della Société de la Flore Valdôtaine, costituita a partire dagli anni ’70. Con la nascita del Museo regionale di Scienze naturali è iniziato anche l’acquisto di numerose monografie scientifiche, relative ai diversi campi delle scienze naturali, e si è intensificato lo scambio e l’acquisizione di riviste scientifiche e divulgative. 

La biblioteca conta oggi oltre 4.000 volumi, fra testi naturalistici a carattere sia divulgativo che scientifico e periodici scientifici o d’informazione pubblicati da università, associazioni scientifiche e ambientaliste, musei italiani e stranieri, ottenuti soprattutto in scambio con la Revue Valdôtaine d’Histoire Naturelle, edita dalla Société de la Flore.

I volumi sono consultabili, su prenotazione, presso la sede operativa di La Salle. 

Grazie ad un accurato lavoro di catalogazione e informatizzazione, questo patrimonio librario è consultabile sulla banca dati digitale.